El museo se encuentra en Santa Cruz Acalpixcan, que significa en náhuatl “donde se cuidan las canoas”. Es uno de los pocos parajes acuáticos que quedan del Lago de Xochimilco. Su colección consta de 2441 piezas de barro y piedra que se exponen en las dos salas del museo. Se puede observar una importante colección histórica de piezas de origen paleontológico, como restos de mamuts, grafitos y de la cultura teotihuacana encontradas en el lugar..
Debido a que fue uno de los lugares de mayor relevancia en la época prehispánica, al ser el centro de abastecimiento alimenticio, se han encontrado importantes petroglifos o grabados en piedra con diversos simbolismos religiosos.
El museo reúne seis mil piezas de barro y piedra labradas por los pueblos precolombinos y grafitos de la cultura teotihuacana. Xochimilco fue uno de los cinco grandes lagos que integraban la Ciudad de Tenochtitlán, los otros cuatro fueron los lagos de Xaltocán, Zumpango, Texcoco y Chalco, por lo que la cultura del agua y sus productos están muy presentes en los vestigios hallados. Adicionalmente, cuenta con una colección histórica de mamuts y talleres muy variados para niños para que éstos puedan reflejar a través de técnicas de arte lo que ven y aprenden en el museo.